Tüp bebek yöntemiyle doğan bebeklerde, normal yoldan doğan bebeklere göre daha fazla anormallik artışı olmaz. Ancak bazı minör yani küçük anomali dediğimiz durumlarda hafifçe artış olabilir. Bunlardan biri, eğer bebek erkek ise peygamber sünneti adı verilen hipospadias durumunun biraz daha fazla görülmesidir. Yine erkek bebeklerle ilgili olarak; tüp bebek yapılma nedeni babadaki sperm problemleri ise, aynı problemin bebekte de olma ihtimalidir.
Eskiden embryo transfer sayısında kısıtlama yokken üçüz ve dördüz (çoğul) gebeliklerde erken doğumlar nedeniyle tüp bebekler de problemler olabilmekteydi. Ancak günümüzde en fazla 2 embryo yerleştirildiği için, erken doğuma ait problemler azalmıştır.