Tüp bebek tedavisi; hangi nedenle yapılırsa yapılsın (yani erkekteki ya da kadındaki problem nedeniyle) tetkikler ve tedavi daha çok kadın üzerine yoğunlaşır. Yani erkekteki sperm problemi nedeniyle de tüp bebek yapılsa bile, ilaçlar bayana verilir. Kısa protokolde kadının adet döneminin başında, uzun protokolde ise beklenen adet tarihinden 3-7 gün önce tedaviye başlanır. Tedavi genellikle günlük iğneler ile yapılır. 3-7 günde bir ultrason yapılır ve kan tetkikleri sonuçları ile ilaç dozları yükseltilir veya düşürülür. Kısa protokolde 10-14 gün sonra, uzun protokolde ise 14-20 gün sonra, yumurtaların içinde bulunduğu folliküller yeterli büyüklüğe ulaştığında yumurta çatlatma iğnesi yapılır, bundan yaklaşık 36 saat sonra kadın hafif uyutularak ultrason eşliğinde yumurtalar toplanır. Bu sırada erkek de sperm için örnek verir. Eğer erkeğin sperm problemi varsa, cerrahi yöntemle sperm alınabilir. Daha sonra laboratuarda klasik tüp bebek (IVF) veya mikroenjeksiyon yöntemiyle döllenme yapılır. Döllenmiş yumurtaların tekrar rahim içine yerleştirilmesi işlemi; yumurta toplama işleminden 2-5 gün sonra yapılır. Bu sırada genellikle kadın eş uyutulmaz. Bu sırada karın bölgesinden ultrason işlemi yapılacağı için, mesanenin dolu olması tercih edilir. Bu nedenle kadının embryo transfer (ET) işlemi sırasında idrara sıkışık olması tercih edilir. Transfer işleminden sonra da değişik ilaçlara devam edilir. Transfer işleminden 10-14 gün sonra yapılan kanda gebelik testinin (beta HCG) sonucuna göre gebeliğin tutup tutmadığı belli olur.
